Марья-Леена Миккола награждена несколькими государственными премиями в области детской и юношеской литературы, в том числе премией «Суоми» за вклад в развитие литературы и культуры (1999), а также медалью Российской Федерации за перевод русской поэзии на финский язык (2008).
